東京都内には、危険物、毒劇物、放射性物質などを取り扱う工場や研究機関が点在しています。このような施設での事故や、テロなどに起因するNBC災害(Nuclear=核、放射性物質 Biological=生物剤、病原体 Chemical=化学物質)が発生した際に最前線で活動する部隊が、化学機動中隊です。高度な専門知識を持った隊員が、質量分析装置などの高機能資機材を使って原因物質を特定し、人命救助や除染等にあたります。